A mediados del siglo XVII, en torno al año 1664, un vecino de la ciudad de Almendralejo llamado Fernando Nieto Becerra “movido de caridad y devoción”, junto con su esposa Juana Alvarado Mendoza y la hermana de esta, Leonor, se comprometieron a edificar el convento y la iglesia de San Antonio de Padua a su costa y a que las rentas provenientes de una Obra Pía fundada sobre sus bienes pudieran mantener la comunidad de franciscanos descalzos instalados en el convento.

Los fundadores fallecieron a los pocos años. Se enterraron en la Parroquial de la villa a la espera de que se construyera este templo. A finales del año 1697 se había terminado la iglesia, cuya portada lleva inscrito el año 1694. El veinticinco de noviembre de 1717 se trasladaron los cuerpos a esta sepultura, la cual se encuentra ubicada junto a las gradas del Altar.

El 14 de septiembre de 1698 se colocó en la iglesia el Santísimo Sacramento con gran solemnidad (festividad de la Exaltación de la Cruz de hace 300 años: no deja de ser significativo que ahora lo estemos recordando ante el Cristo clavado en la Cruz, muriendo, el Santísimo Cristo de la Buena Muerte). Sin embargo el convento no se dio por terminado de manera oficial hasta el año 1785. Cincuenta años después, el 28 de septiembre de 1835 se cerró definitivamente el convento, debido a las leyes desamortizadoras; los frailes habían sido expulsados unos días antes.

El edificio del convento tuvo después varios destinos en manos de distintos propietarios (fábricas de alcohol y de harinas, cine, colegio Ntra. Sra. de la Piedad etc…); la mayor parte del mismo, después de haber estado mucho tiempo en ruinas, ha sido felizmente recuperado como Casa de la Cultura y el Conservatorio Oficial de Música.

La iglesia quedó casi abandonada y surgió un sacerdote ejemplar, Jerónimo Carballar, que en el primer cuarto de nuestro siglo mantuvo el templo en pie, con las reparaciones necesarias, construyó la casa de la ermitaña (año 1901, en su fachada), fundó asociaciones religiosas (Orden Terciaria, Pan de los Pobres) y difundió incansable el culto a San Antonio.

Después de su muerte, en 1926 las diversas circunstancias de nuestra historia provocaron de nuevo el abandono de la iglesia, hasta que en los años 50 surgió otra persona ejemplar, Francisca Calero García, Presidenta de la Hermandad de San Antonio desde su fundación en 1954 hasta su fallecimiento en el año 1998.

El 14 de abril de 1993, la Consejería de Medio Ambiente, Urbanismo y Turismo, de la Junta de Extremadura, declaró Bien de Interés Cultural con definición de Entorno de Protección al monumento integral.

El 21 de febrero de 2022, la Santa Sede, a través de la Penitenciaría Apostólica, concedió el don de la Indulgencia Plenaria a los fieles que visiten este templo, gracias al vínculo espiritual de afinidad establecido con la Basílica Papal de Santa María la Mayor de Roma, el cual fue decretado el 22 de febrero de 2022, convirtiéndose en un Templo Jubilar Perpetuo.

Un año después, el 17 de mayo, Monseñor Don Celso Morga Iruzubieta, Arzobispo de Mérida-Badajoz, declaró Santuario Diocesano a esta Iglesia Conventual de San Antonio de Padua.

El Rector del Santuario es el Rvdo. Sr. Lic. D. Rafael Corraliza Ferrera.

El mantenimiento del Santuario está a cargo de la ermitaña Dª. Juana Colchón Gómez, la Hermandad de la Buena Muerte, la Hermandad de San Antonio y de un grupo de personas y hermanos que realizan la limpieza.

El Santuario pertenece a la jurisdicción de la Parroquia de Ntra. Sra. de la Purificación a cargo del Párroco Rvdo. Sr. Lic. D. Rafael Corraliza Ferrera.

Existen dos Hermandades: la Hermandad de San Antonio y la Hermandad y Cofradía de Penitencia del Santísimo Cristo de la Buena Muerte y la Santa Vera Cruz.

Datos facilitados por Francisco Zarandieta Arenas y por la Hermandad de la Buena Muerte